月经期性生活，由于男性生殖器的进入以及子宫收缩和肛门括约肌收缩，可使月经血流出受阻碍，破碎的子宫内膜随经血倒流入腹腔或输卵管，在输卵管种植，就能造成输卵管的子宫内膜异位症，阻塞输卵管而不孕。子宫内膜异位症还会合并卵巢功能异常，使卵巢增大呈囊性，称为卵巢子宫内膜囊肿，因为粘连而不活动，囊内为黑红色黏稠液体，颜色与巧克力相似，所以又称“卵巢巧克力囊肿”，这也是引起不孕的重要原因。

月经期性生活，精子易与子宫内膜破损处溢出的血细胞相遇，往往使其中的免疫细胞被致敏，从而产生了抗精子抗体，一旦再次接触精子，则会激起强烈的免疫排斥反应，将精子杀死或阻止其活动。人体中一旦产生抗精子的免疫抗体，常可维持几年甚至几十年时间，造成较顽固的不孕。